Έπειτα της συγκομιδής υπάρχουν τρείς μέθοδοι επεξεργασίας του καρπού του καφεόδεντρου. Οι μέθοδοι ονομάζονται Natural, Pulp Natural και Fully Washed. Ανάλογα την μέθοδο επηρεάζεται έντονα η γεύση του καφέ.
Ο καρπός του καφεόδεντρου περιέχει δύο ή και μερικές φορές, έναν κόκκο καφέ(peaberry). Όταν μαζεύουμε τους ώριμους καρπούς από τα καφεόδεντρα, οι κόκκοι που περικλείονται από τον καρπό έχουν υγρασία περίπου 50%. Πρέπει με κάποιον από τους τρείς μεθόδους, να μειώσουμε την υγρασία των κόκκων στο 11-12%, ώστε οι κόκκοι να μην χαλάσουν δηλαδή, να μην μουχλιάσουν καθώς επίσης να καταστούν κατάλληλοι για να καβουρντιστούν.
Η πρώτη μέθοδος ονομάζεται Natural (φυσική). Με το που μαζεύουμε τον ώριμο καρπό από το δέντρο, τον απλώνουμε να ξηραθεί κάτω από το φώς και την ζέστη του ήλιου. Το βράδυ τον συγκεντρώνουμε, ώστε να τον ξανά απλώσουμε την επόμενη μέρα. Αυτό το κάνουμε κάθε μέρα για σχεδόν δύο βδομάδες. Όταν ο καρπός καταστεί ξηρός τότε τον σπάμε και βγάζουμε τους κόκκους. Μέσω αυτής της διαδικασίας, ο κόκκος για δύο βδομάδες, απορροφά ζάχαρα και άλλες ουσίες από τον καρπό. Έτσι οι Natural καφέδες έχουν συνήθως πιο γλυκιά γεύση, πιο δυνατό σώμα και πιο έντονο τελείωμα.
Η δεύτερη μέθοδος ονομάζεται Fully Washed (πλυμένη). Με το που μαζεύουμε τον ώριμο καρπό από το δέντρο, τον σπάμε, βγάζουμε τους κόκκους και τους βάζουμε σε μεγάλες δεξαμενές με νερό. Στις δεξαμενές αφήνουμε τους κόκκους για 24 ώρες ώστε να ολοκληρωθεί η ζύμωση. Έπειτα ξεπλένουμε τους κόκκους πολύ καλά για να τους απλώσουμε στον ήλιο, για δύο βδομάδες, ώστε να μειωθεί η υγρασία στο 11 με 12%. Λόγω της ζύμωσης, μειώνεται η γλυκάδα, αλλά αναδεικνύεται η οξύτητα.
Η Τρίτη μέθοδος ονομάζεται Pulp Natural (ημί-πλυμένη). Με το που μαζεύουμε τον ώριμο καρπό από το δέντρο, τον σπάμε, βγάζουμε τους κόκκους και τους απλώνουμε στον ήλιο. Επειδή δεν τους ξεπλένουμε με νερό, όπως οι Fully washed, μέρος του καρπού (pulp) παραμένει πάνω στον κόκκο, όταν αυτός ξεραίνεται. Μάλιστα λόγω του χρώματος που αποκτά κατά την διάρκεια της ξήρανσης, η μέθοδος λέγεται και honey process. Oι Pulp Natural έχουν συνήθως πιο ισορροπημένη γεύση και πιο ήπια οξύτητα.
